每天使用前应洗刷内部一次，且将存水排尽，更换新鲜水，以免产生的水垢降低水质，影响使用效果。2．水源中杂质经过蒸发将被遗留下来，特别是自来水水质较差且未经过处理时，经过蒸发后，锅内将留有沉淀物<水垢>，凝结在桶壁、电热管表面、冷凝器外壳的内壁、回水管等地方， 日积月累，不仅阻碍了水路的畅通，而且，影响冷凝效果，以致减少产水量；对电热管来说， 也将使它的热量积聚而缩短了它的使用寿命。因此上述各处的水垢宜经常加以清除，清除方法： 可用毛刷进行洗刷表面一层污垢，然而视污垢组合的情况，使用弱酸或弱碱溶液进行清洗。在进行洗刷时请注意：切勿用力过猛，以至损坏零件。
蒸馏水器的发热元件是采用浸入式电热管，它的构造以镍铬合金为发热主体，埋藏在紫铜管的中心，四周用氧化镁灌封作为绝缘。因此一旦断水，发出的热量不能被水吸收，将使紫铜管护套破裂烧毁。因此必须浸没在水中使用。
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